gitなどで、.sshフォルダに秘密鍵が入っているにもかかわらず、うまく鍵が認識されない場合、
.sshフォルダ及び中の秘密鍵ファイル(id_rsa)のアクセス権が間違っていることが原因のことが多いです。
ここで設定するアクセス権で少しはまったのでメモ。

秘密鍵ファイル(id_rsa)のアクセス権は600又は700に設定する必要がありますが、
id_rsaファイルを格納する.sshフォルダは、600ではだめで、700にする必要がありました。

まとめると、以下のコマンドを実行すればOKです。

cd ~
chown -R 自身のユーザー名:staff .ssh
chmod 700 .ssh
cd .ssh
chmod 600 *

よくよく考えたら、600ではフォルダ内のファイルの存在確認ができないので当然かもしれないです。。