ubuntuでmysqlを再起動する場合、
/etc/init.d/mysql restart
とやりますが、ここで
Stopping MySQL database server: mysqld failed!
とエラーが出てしまいました。
原因
これは、mysqlを停止する際に使うdebian-sys-maintというユーザのパスワードが間違っているのが原因です。
mysqlをインストールした際、/etc/mysql/debian.cnfにランダムなパスワード（生）が保存され、mysqlデータベースのuserテーブルにハッシュ済みデータが保存されます。
ほかのmysqlサーバからデータを移行した場合など、このuserテーブルを書き換えてしまった場合に、上記現象が発生します。
解決方法
mysqlのdebian-sys-maintユーザのパスワードを、/etc/mysql/debian.cnfに書いてあるものにリセットすれば、上記エラーは解決しました。