ActionScript からシンボルのプロパティを制御すると、そのシンボルのモーショントゥイーンが止まってしまうようです。
たとえば、シンボルA（hoge）が100-200フレームの間で アルファチャンネル100→0にモーショントゥイーンしている場合、
150フレームのところで
_root.hoge._x = 100;
のような処理をすると、アルファチャンネルが50くらいで止まったままになってしまいます。
詳しくは検証していませんが、ActionScript側からトゥイーンを取得してresume() する手段は見つかりませんでした。
解決方法
シンプルに、GUIから設定するモーショントゥイーンをあきらめて、ActionScriptでTweenオブジェクトを生成したり onClipEvent(enterFrame) で制御するのが良さそうですね。