C#等のアプリで、自身がClickOnceでインストール・実行されているかをチェックするには、
System.Deployment.Application.ApplicationDeployment.IsNetworkDeployed
を調べます。
しかしこのプロパティ、普通に起動するとfalseが取得できますが、Visual Studioから起動するとなぜかフリーズすることがあります。ありました。
この場合は、ClickOnceアプリの実体が保存される C:/Users/ユーザ名/AppData/Local/Apps/2.0 を削除して、コンピュータを再起動すると直るようです。直りました。
起動プロセスが複雑になるとたまに面倒ですね。