Android NDKを使って開発していて、アプリを動かしてみると
JNI ERROR (app bug): attempt to use stale local reference
というエラーが発生することがあります。
これは主に、すでに無効になったクラス参照にアクセスした際に発生します。
JNIからJavaのメソッドを呼び出す際の基本的な方法は以下のようなものです。
jclass cls = env->FindClass("com/example/MyClass");
jmethodID methodID = env->GetMethodID(cls, "hello", "()V");
env->CallVoidMethod(obj, methodID);
ここで、頻繁に呼び出しが発生する場合、「FindClassやGetMethodIDを毎回呼ぶのは重そうだから、clsの値はグローバル（staticやC++のメンバ変数）に保持しておこう」と思うと、上記エラーが発生します。
Androidブログにも書かれていますが、FindClassで取得したjclassは、そのJNI呼び出しの間でのみ有効です。
呼び出しをまたいで保持しておいてもその値は無効になってしまうので、そのままではグローバルで保存するような使い方はできません。
※GetMethodIDやGetFieldIDで取得したjmethodID, jfieldIDは、classがアンロードされるまでは有効です。
この場合、以下のようにGlobalRefを持っておけば、ずっと使えます。
jclass gCls = env->NewGlobalRef(cls);
いらなくなったら、DeleteGlobalRefで解放してやりましょう。